中心依托南京农业大学国家重点学科作物学一级学科和农学院，聚焦我国农作物种子产业关键共性技术研发、技术集成、成果转化与推广等任务，解决我国种子产业发展中的重要科学问题，提升我国主要农作物种业自主创新能力。

中心围绕种质资源与现代育种、种子生产与质量控制、种业经营与管理和人才培养与技术服务等四个方向，结合当前作物生产面临的技术瓶颈开展研究，形成行业关键技术和知识产权集成；培育一支多学科交叉融合的高素质种业研发团队；建立一个具国际影响力，集技术研发、人才培养和产业服务“三位一体”的综合平台。以“科技兴农，改善农民生活，改变农村面貌”为己任，全面提升我国作物种业自主创新能力，服务我国现代作物生产和农业现代化。